La elección de 2006 resultó ser un proceso electoral reñido y polarizador, y el resultado no puso fin a los desacuerdos. Debido a este contexto, el tema del voto migrante y otros temas relacionados con la comunidad mexicana en el exterior no fueron una prioridad en los planteamientos de los partidos y sus candidatos presidenciales.

Por otra parte, debido a lo tardío de la reforma de 2005, el IFE se vio limitado en el diseño y ejecución del programa de voto en el exterior. El funcionamiento del programa generó quejas entre los migrantes, destacando la llegada tardía de materiales promocionales y la falta de una estrategia efectiva y adecuada para los mexicanos en el exterior. Además, en esta primera experiencia hubo un desconocimiento entre las comunidades de migrantes sobre los alcances de la reforma de 2005 y los requisitos para votar, incluyendo la necesidad de tener una credencial de elector válida. Muchos migrantes interesados ​​en votar vieron que no calificaban y manifestaron su disconformidad.

El IFE presenta las siguientes cifras sobre el resultado de la participación electoral de los mexicanos en el exterior:
Personas incluidas en la Lista Nominal de Electores Residentes en el Exterior (LNERE): 40.876.
Porcentaje de miembros del LNERE radicados en USA: 87,49%.
Número total de sobres de votación recibidos: 33.111.
Votos recibidos por candidato presidencial de cada partido:
PAN 19.016
PRI/PVEM 1.360
PRD/PT/ Convergencia 11,090
Nueva Alianza 128
Alternativa 887
Candidatos No Registrados 29
Votos Nulos 11

La cifra quedó muy por debajo del universo potencial de votantes y las expectativas expresadas previamente por los promotores de la reforma y otras partes interesadas. Además, aunque es un tema secundario, es importante señalar que el número total de votos no fue decisivo en la elección presidencial.